Mehanizmi za uspostavljanje ravnopravnosti spolova mogu poslužiti i kao alat u borbi protiv diskriminacije LGBTI osoba. Obzirom da je Zakonom o ravnopravnosti spolova zabranjena diskriminacija na osnovu spola i seksualne orijentacije, gender akcioni planovi moraju sadržavati mjere kojima se osigurava adekvatna zaštita ove marginalizovane skupine kako bi se moglo reći da je gender akcioni plan izrađen u skladu sa Zakonom o ravnopravnosti spolova i Gender akcionim planom BiH.

Više o uključivanju LGBTI pitanja u GAP-ove, pogledajte ovdje.